ממוצאי יום א’ של פסח, ועד ערב חג השבועות, סופרים בכל ערב לאחר תפלת ערבית, את הימים והשבועות שעברו: "היום יום אחד לעומר", "היום שני ימים לעומר".. "היום עשרה ימים שהם שבוע אחד ושלשה ימים לעומר".. "היום תשעה וארבעים יום שהם שבעה שבועות לעומר". השם "ספירת העומר" נובע מכך, שהתחלת הספירה היא ביום שבו הקריבו – בזמן שבית המקדש היה קיים – את קרבן "עומר התנופה", שהוא קרבן מנחה משעורים מהתבואה החדשה שנקצרה בליל ששה עשר בניסן. ומאחר שאין לנו עתה בית מקדש והעומר אינו קרב, לכן יש אומרים שהספירה בזמן הזה היא רק מדרבנן "זכר למקדש". 

לפני הספירה יש לברך: "אשר קדשנו במצוותיו וצונו על ספירת העומר". 

אם שכחו לספור בלילה, אפשר לספור למחרת ביום, בלי ברכה. אם שכחו לספור גם למחרת ביום, ימשיכו לספור בכל שאר הימים בלי ברכה. נשים פטורות מספירת העומר מצד הדין, אבל הן קבלו על עצמן לספור (בנות אשכנז סופרות בברכה, ועדות המזרח בלי ברכה). 

הספירה מבטאת את ההשתוקקות לקראת מתן תורה בחג השבועות, שהוא ביום החמשים לעומר, ובו מקריבים "מנחה חדשה" מהחיטה החדשה. בימי הספירה נוהגים בקצת מנהגי אבילות, אין נושאים נשים, אין לובשים בגד חדש, אין מנגנים בכלי שיר, ואין מסתפרים. כל זאת זכר ל-24 אלף תלמידי רבי עקיבא שמתו במגיפה בתקופה זו של השנה, על שלא נהגו כבוד זה בזה.