ממחרת חג הפסח ועד חג השבועות סופרים את ספירת העומר. וכמו שנאמר: "וספרתם לכם... עד ממחרת השבת השביעית תספרו חמישים יום". למרות שנאמר "תספרו חמישים יום", לפועל סופרים 49 ימים בלבד ולא 50. היום ה-‏50 הוא חג השבועות שלאחר הספירה. מדוע איננו סופרים את היום ה-‏50? או מכיוון הפוך: כיצד אנו מקיימים את הוראת התורה לספור 50 יום?

בתורת החסידות מבואר כי 49 הימים הם כנגד 49 שערי קדושה שאדם מסוגל להעפיל אליהם בכוחות עצמו. המילה ספירה מתפרשת מלשון אבן ספיר – אבן מאירה. לאמור: בכל יום בספירת העומר עוברים מבעד לשער קדושה נוסף וזוכים לאור רוחני גבוה יותר.
 
ביום החמישים איננו סופרים, כי השער החמישים (שער הנו"ן) הנו מעבר ליכולות ההשגה האנושיות. אלא שמי ש'ספר' והתעלה ב-‏49 השערים, הקדוש-ברוך-הוא מעניק לו במתנה גם אור וקדושה מהשער ה-‏50. ולכן נאמר "תספרו חמישים יום" – כי אכן מאיר אלינו גם השער הזה לאחר שהתעלינו וספרנו את 49 השערים שלפניו.
 
כאשר יצאו אבותינו ממצרים הם ספרו את הימים, ובעצם זו הייתה מצדם התעלות רוחנית בשערי הקדושה, כהכנה לקראת הקדושה הנשגבת שהאירה עליהם בעת מתן תורה. כאשר אנחנו סופרים את ספירת העומר, בכל שנה מחדש, אנחנו לא רק מנציחים את ספירתם של אבותינו, אלא אנחנו ממשיכים להתעלות בעצמנו בשערי הקדושה. כל יהודי כפרט והעם היהודי ככלל, מתעלה טוב יותר וטוב יותר, ובכך אנו מתכוננים לקראת הקדושה הנשגבת מכול שתאיר עלינו בגאולה השלמה.
 
(ליקוטי שיחות חלק ג עמוד 976)