בית המקדש השלישי מתאפיין בקיומו הנצחי. על הפסוק "אם השם לא יבנה בית שווא עמלו בוניו בו" (תהלים קכז, א) נאמר בספר הזוהר, כי שהבית הראשון והשני היו "בניינא דבר נש דלית ביה קיומא כלל" (בניין מעשה אדם שאין בו קיום כלל), ואילו הבית השלישי יהיה "בניינא דקודשא-בריך-הוא" (בניינו של הקדוש-ברוך-הוא) ויתקיים לעד.
 
ייחודו של הבית השלישי הוא בכך, שבו מתמזגות שתי המעלות שהיו (בנפרד) בבית הראשון והשני. בימי הבית הראשון הייתה התגלות גדולה של קדושה. הוא נבנה בימי שלמה המלך, בתקופה שמוגדרת כשיא של התגלות אלוקית, ומכוחה של ההתגלות גם בני ישראל נחשפו והתעלו לדרגה רוחנית גבוהה ביותר. החיסרון הגדול היה שהעולם לא היה בשל ומוכן דיו לגילויים האלוקיים. לכן הייתה במקביל התחזקות עזה של מוקדי עבודה זרה והתרבות של נביאי שקר, תופעות שבסופו של דבר הובילו לחורבן.
 
הבית השני נבנה במצב של גילויים אלוקיים נמוכים בהשוואה לאלו שהיו בבית הראשון. נמיכות שהתבטאה בכך שחסרו בו חמישה דברים מהותיים שהיו בבית הראשון: הארון עם הכפורת והכרובים, האורים והתומים (השם המפורש שבין קפלי החושן), להבת האש השמימית שנחה על המזבח, השראת השכינה וגילוי רוח הקודש. אצל עם ישראל התבטאה הנמיכות בכך שהם כבר לא היו אדונים לעצמם אלא היו כפופים למרות של שלטון זר. אולם מאידך גיסא, הגילויים היו מבוססים על עבודתם של בני ישראל, והעולם היה מזוכך ומותאם להכלתם.
 
לכן הבית השני התקיים עשר שנים יותר מהבית הראשון ואף היה גדול ממנו בממדיו. היותו של העולם, כאמור, מזוכך ובשל יותר להכלת גילויים אלוקיים גרמה ל'קליטה' טובה יותר של בית-המקדש בעולם. אך אף על פי כן גם הוא נחרב, בגלל נמיכות המדרגה של הגילויים הרוחניים.
 
בבית השלישי תתמזגנה שתי המעלות האמורות גם יחד: מצד אחד, יהיו בו גילויים נעלים מאוד, עוד יותר מאשר אלו שהיו בבית הראשון, ומצד שני, בעקבות הגלות המפרכת, יגיע העולם לשיא של זיכוך, הרבה יותר מאשר בבית השני. לכן יעמוד הבית השלישי בכל תוקפו והדרו לעד, לנצח נצחים.