מצוות פרה אדומה מיועדת לטהר טמאים ברמה החמורה ביותר – טומאת מת (טומאת-מת נוצרת על-ידי מגע ישיר או עקיף עם נפטר או הימצאות אתו תחת קורת גג אחת): שוחטים את הפרה ושורפים את גופתה, את האפר שנוצר מוהלים במי מעיין, ומהתמהיל – מזים על טמאים לשם טהרתם.
 
יש במצווה זו דבר והיפוכו: מי שמתעסק בהכנת אפר הפרה האדומה – הופך לטמא, בו בזמן שכל ההכנה מיועדת לטהרה של טמאים! חז"ל מציינים כי גויים אוהבים לצטט מצווה זו כדי ללעוג לעם ישראל, בשל חוסר ההיגיון המשווע שבה. ואמנם, על מצווה זו דווקא נאמר: "זאת חוקת התורה". זו חוקה למעלה מהיגיון, וכאשר מקיימים אותה – ברור שזה רק מפני הציווי האלוקי ולא משום סיבה הגיונית. ולכן נקראת המצווה 'חוקת (כל) התורה', כי הבסיס לכל התורה הוא קיום המצוות אך ורק מפני הצו האלוקי.
 
מצות פרה אדומה נוטעת בנו את ההכרה ביסודה של היהדות, כי לא כל דבר אפשר להבין בהיגיון. יש דברים שהם למעלה משכל והבנה, ודווקא הם הבסיס לכל התורה כולה. אכן, יש מי שלועגים ומזלזלים לאמונה כזו, אך זו האמת, ולא הלעג והזלזול יהיו מה שיסיטו ממנה.
 
אמונה מוחלטת כזו היא גם האמונה המוחלטת בדבריו הנבואיים של הרבי מליובאוויטש מלך המשיח, כי אנו הדור האחרון לגלות והראשון לגאולה, וכי נשיאו של הדור הנוכחי (דהיינו הוא בעצמו) יישאר בתפקידו ברציפות ולנצח – עד הגאולה ועד בכלל, עת יתגלה לעין כול כמלך המשיח.
 
ראויים לציטוט דבריו חוצבי הלהבות של בעל "ציץ אליעזר" בעניין האמונה בדברי התורה וחכמיה: "חז"ל השמיעונו, שאם נסתר חוש הגשמי על ידי מה שמצאנו בתורתנו הקדושה איפכא, על כורחך מסיקים אנו שחוש הגשמי הטעה... וזהו ההבדל הגדול והריחוק הנורא שבין דעתנו לדעת חז"ל, מן ההיפך אל ההיפך: שאצלנו בעניותנו העולם הזה הוא מציאות... מה שאין כן חז"ל ברוח קודשם המה ראו את התורה בחושיהם כמציאות... ו(למולה) – בטלים ומבוטלים כל החושים ועיני הבשר, כי שקר המה – טועים ומטעים... וזוהי הדרך, דרך התורה, ללכת בה ואחריה בתמימות, מבלי לנטות ימין או שמאל".