בכתבי האר"י (האלוקי רבי יצחק (לוריא)) מופיע חידוש מפתיע לפיו בזמן הגאולה יהפכו הכוהנים של ימינו ללויים והלויים – לכוהנים. בכך מסביר האר"י את הפסוק המופיע בספר יחזקאל (מד, א), באמצע תיאור החיזיון של בית-המקדש השלישי: "והכוהנים הלויים בני צדוק". אותם אנשים נקראים כוהנים וגם לויים. הכיצד? אלא הכוונה היא לכוהנים לעתיד לבוא, שהנם לויים לשעבר.
 
את הסיבה לחילופי התפקידים תולה האר"י בשורשי הנשמות. על פי תורת הסוד, מושרשות נשמות הכוהנים (של ימינו) בנשמתו של הבל בן אדם הראשון, ונשמות הלויים – בנשמת אחיו קין. קין היה הבכור, ולכן מי שקשורים בנשמתו אמורים לקבל את בכורת הכהונה. אלא שבגלל החטא (רציחת הבל) עברה הכהונה מקין להבל, ומי שקשורים בנשמתו של הבל זכו בפועל בתפקידי הכהונה. אך לעתיד לבוא יתוקן הפגם הרוחני שחולל חטאו של קין והתוכנית המקורית של הבריאה תוכל להתממש. לפיכך, יהפכו הלויים של ימינו לכוהנים והכוהנים ללויים.
 
האר"י מוסיף כי נשמתו של יחזקאל הנביא מושרשת גם היא בנשמת קין, ולכן הוא דווקא זה שרמז בנבואתו על התיקון לפגמו של קין, שיתבטא בחילופי התפקידים בין הכוהנים והלויים.  
 
ברם, חידוש זה מעורר שאלה גדולה: התורה מדגישה כי תפקידי הכוהנים מיועדים לאהרון הכוהן ולבניו בלבד, ותפקידי הלויים – ליתר בני שבט לוי. התורה מציבה איסור ברור על חילופי תפקידים בין הכוהנים והלויים, וכל פרט במצוות התורה צריך להישמר לנצח. כיצד אפוא יתכן לומר שהשינוי לעתיד לבוא סותר לאיסור המפורש בתורה?
 
מסביר הרבי מליובאוויטש מלך המשיח כי אין כל סתירה בדבר, משום שהתחלופה שמתאר האר"י מתייחסת לנשמות בלבד. כלומר, גם לעתיד לבוא אך ורק בני אהרון ימשיכו לשמש בתפקידי הכוהנים, אלא שהנשמות שבגופם יהיו שונות מאלו שכיום בגופם. כיום, שרויות בגוף הכוהנים נשמות שמושרשות בנשמת הבל, ובגוף הלויים שרויות נשמות שמושרשות בנשמת קין. לעתיד לבוא, בעקבות תיקון חטאו של קין, יחול שינוי ובבנים הנולדים לאב כוהן תשרינה נשמות שמושרשות בנשמת קין, ובבנים הנולדים לאב לוי תשרינה נשמות שמושרשות בנשמת הבל.