ממוצאי יום א' של פסח, ועד ערב חג השבועות, סופרים בכל ערב לאחר תפלת ערבית, את הימים והשבועות שעברו: "היום יום אחד לעומר", "היום שני ימים לעומר".. "היום עשרה ימים שהם שבוע אחד ושלשה ימים לעומר".. "היום תשעה וארבעים יום שהם שבעה שבועות לעומר" (יש הבדל בין העדות, בנוסח הספירה "לעומר" או "בעומר"). על פי מדרש חכמינו זכרונם לברכה, מבטאת הספירה גם את ההשתוקקות וההתקרבות לקראת מתן תורה בחג השבועות, שהוא ביום החמשים לעומר.
 
השם "ספירת העומר" נובע מכך, שהתחלת הספירה היא מהיום שבו הקריבו – בזמן שבית המקדש היה קיים – את קרבן "עומר התנופה", שהוא קרבן מנחה משעורים, מהתבואה החדשה שנקצרה בליל ששה עשר בניסן. אולם, מאחר שאין לנו עתה בית מקדש והעומר אינו קרב, לכן יש אומרים שהספירה בזמן הזה היא רק מדרבנן "זכר למקדש".
 
לפני הספירה יש לברך: "אשר קדשנו במצוותיו וצונו על ספירת העומר". אם שכחו לספור בלילה, אפשר לספור למחרת ביום, בלי ברכה. אם שכחו לספור גם למחרת ביום, ימשיכו לספור בכל שאר הימים בלי ברכה. נשים פטורות מספירת העומר מצד הדין, אבל הן קבלו על עצמן לספור (בנות אשכנז סופרות בברכה, ועדות המזרח בלי ברכה).
 
בימי הספירה נוהגים בקצת מנהגי אבילות, אין נושאים נשים, אין לובשים בגד חדש, אין מנגנים בכלי שיר, ואין מסתפרים. כל זאת זכר ל24- אלף תלמידי רבי עקיבא שמתו במגיפה בתקופה זו של השנה, על שלא נהגו כבוד זה בזה. יש הבדלים בין העדות השונות אודות התקופה המדויקת (בתוך הספירה) שבה יש לנהוג במנהגי האבלות, אבל רבים נוהגים בכך בכל ימי הספירה, חוץ מיום ל"ג בעומר.