הוא נולד בעיר מגנצא אשר  בגרמניה למשפחה שרבים מבניה היו רבנים  מדורי דורות. רבינו אלעזר היה תלמידו של רבי יהודה  החסיד מרגנשבורג. מגנצא, ער מולדתו של רבי  אלעזר, היתה אחת הקהילות הוותיקות והחשובות  של אירופה. כאן הנהיג את ישבתו ברמה רבינו  גרשום מאור הגולה 200 שנה לפני כן.  

רבי אלעזר התיישב בורמיזא. בה חי ופעל  רש״י מספר דורות לפני כן. רבי אלעזר התמסר לגמרי ללימוד התורה ולחיבוריו התורניים.  

לפרנסה דאגה אשתו דולצה, שעסקה בפרקמטיה  ופרנסה את המשפחה. היא היתה אשת חיל  וצדקת גדולה, שידיה היו פתוחות לתמיכה  בתלמידי חכמים.  

בשנת תתקנ״ו (1196) אירע לרבי אלעזר  אסון מחריד. היה זד, בכ״ב בכסלו, 3 ימים לפני  חנוכה, כאשר רבי אלעזר ישב ליד שולחנו וכתב  פירוש על פרשת ויישב. שני צלבנים שיכורים  התפרצו לביתו ורצחו את אשתו. את שתי בנותיו הקטנות ואת בנו יעקב. יחד עם המלמד שלו.  

גם רבי אלעזר עצמו נפצע קשה בידי הרוצחים, אשר לאחר שכילו את מלאכתם, שדדו את הבית  ולא הותירו בו אבן על אבן.  רבי אלעזר החלים מפצעיו לאחר זמן מה.  

הוא נשאר שבור ונדכא ומתאבל על אובדן  משפחתו. אולם הוא השתדל להתחזק ברוח ולהתמסר עוד יותר ללימוד תורה ולניהול  הרבנות.  

קהילת ורמיזא היתה אחת משלש הקהילות  שנתפרסמו בכינוי הכולל "שו״ם״ (שפייאר,  ורמיזא, מגצא) שתיקנו תקנות חשובות בימי  רבינו תם והרשב״ם. בשנת תתק״פ (1220) נמנה  ר׳ אלעזר על אותם רבנים, שחידשו תקנות אלה.  

הוא השתתף גם באספת הרבנים, שהתכנסה  במגנצא בשנת תתקפ״ג והוציאו תקנות חדשות, הידועות בשם תקנות שו״ם.  

רבי אלעזר נמנה על בעלי התוספות. הוא  חיבר או ערך תוספות למסכתות מסויימות של  הש״ס. במיוחד למסכת בבא קמא. פירושיו המעמיקים מובאים לעיתים קרובות בשיטה מקובצת. מלבד זאת הוא חיבר פירושים גם על התורה ועל חמש המגילות. פירושיו על שיר השירים  ועל רות הודפסו בספר שנקרא ״יין הרוקח״.  הוא חיבר ספרים רבים, ביניהם גם בנושא  הקבלה. חלק מהספרים נשאר בכתב יד וחלק  אבד במרוצת הזמן.  

ספרו המפורסם ביותר הוא "ספר הרוקח״, בו  הוא דן בעניני תשובה ויראת שמים, דיני  איסור והיתר, דיני ממונות, דיני ימים טובים  ודינים אחרים, הנוגעים לחיי היום־יום. ספר זה נדפס לראשונה בפאנו, בשנת 1505 ומכאן  ואילך הוא נדפס פעמים אחדות.  

רבי אלעזר היה גם פייטן מפורסם, שחיבר  פיוטים רבים. יוצרות, סליחות, וקינות. הוא  גם חיבר פירוש על התפילות.

רבי אלעזר  נפטר בשנת תתקצ״ח (1238) והובא למנוחות  בורמיזא.