כבר בגיל צעיר החלו להתגלות כשרונותיו הגדולים ואחד מגדולי הדור, רבי משה אשכנזי, מחבר הספר ״זכרון משה", בחר בו להיות חתנו. חותנתו, מרת אדל, היתה ידועה כאשת חיל, שיצא לה שם בשל מעשי צדקה וחסד. 

כאשר רבי שמואל היה בן 30, יסדו הורי אשתו ישיבה גדולה והעמידו אותו בראשה. המהרש״א עמד בראש ישיבה זו במשך 24 שנים, בעוד שחותנתו תמכה בתלמידים מבחינה חומרית מכספה שלה. 

עד מהרה זכה ר׳ שמואל לפירסום בקרב רבני התקופה ומקום של כבוד ניתן לו בכל הכינוסים וההתועדויות של תלמידי חכמים, שהתכנסו כדי לדון בבעיות העולות על הפרק.

בשנת 1600 הוא פירסם לראשונה את החידושים שלו, בצורה אנונימית. פירושים אלה היו פופולריים מאוד ונתקבלו בחוגי הלומדים בסבר פנים יפות דבר זה עודד אותו מאוד והוא המשיך לכתוב את חידושיו, אשר את חלקם השני פירסם כעבור 11 שנה.

בשנת 1610 הוא נקרא לשבת על כס הרבנות של העיר חלם. מכאן הוא הוזמן, לאחר שרות של 4 שנים, לקהילת לובלין, אשר בה עמד גם בראש הישיבה המקומית. מכאן עבר לטיקטין ואילו את שארית חייו בילה כרבה של אוסטרוג וראש הישיבה שם. כאן הוא נפטר בשנת 1631, בגיל 76 לחייו. 

מלבד חידושי ההלכות, חיבר המהרש״א פירוש גם על החלק האגדי של חז״ל. חלק זה, שנקרא ״אגדות מהרש״א״, פורסם ב-1627. פירושיו של המהרש״א מגלים את תפישתו המבריקה ואת ידיעותיו הרחבות בכל ים תלמוד. פירושיו יחידים בשיטתם ובניסיונם המעשי להגיע אל ההסבר הפשוט וההגיוני של הטקסט התלמודי, מבלי להכנס לפילפולי עקר. בגישתו אל האגדה הוא מדגיש את הצורך בקבלת דברי חז״ל כלשונם ודוחה את דיבריהם של אותם מלומדים, המתיחסים אל דברי חז״ל אלה כאילו היו משלים, בעלי מגמה חינוכית בלבד. אפילו כאשר סיפורים אחדים בחלק האגדי של התלמוד, נשגבים מבינתנו, אנו חייבים לקבל אותם מתוך אמונה עמוקה — אומר המהרש״א — ״כי דעתם היתה עמוקה וגדולה מזו שלנו״.

לא רק בשל למדנותו הגדולה, כי אם גם בשל מידותיו התרומיות, היה המהרש״א אהוב ומכובד על הכל. הוא היה צנוע מאוד והעובדה שבתחילה העלים את זהותו מהחיבור שכתב, תעיד על כך, ביתו היה פתוח לרווחה לכל נצרך, וסיפרו, כי על דלתו היה חרות פסוק מאיוב: ״בחוץ לא ילין גר, דלתי לאורח אפתח״ (איוב ל״א). 

פירושו של המהרש״א נהיה במרוצת הדורות פופולרי כל כך, שכיום מדפיסים אותו יחד עם כל הוצאה תלמודית והוא הפך ל״לימוד חובה״, כמעט כמו רש״י או התוספות.