רבי יהודה ב"ר יחזקאל היה אחד האמוראים החשובים ביותר בדור השני של אמוראי בבל. הוא היה תלמידו של רב (אבא אריבא) ורבו, שאהב אותו מאוד, מינה אותו למורה הפרטי של בנו,רב חייא בר רב.

כאשר רב יצא למסעות בעניני ציבור נהג לקחת אתו את רב יהודה, כדי שישמש לו הן כמלווה וכשמש והן כתלמיד משכיל ובר אורין, שאפשר להחליף עמו דברים בעניני תורה ודעת.

רב יהודה נולד ביום בו נפטר רבי יהודה הנשיא מחבר המשנה. היתה זו שנת 3950 לבריאת העולם. אביו של רב יהודה ,רבי יחזקאל, היה גם כן תלמיד חכם גדול והוא היה המורה הראשון של בנו. האמורא הגדול, שמואל, ראש ישיבת נהרדעא, היה מכבד מאד את רב יחזקאל והיה נוהג לקום ממקומו, כאשר הלה נכנס לחדר.

כאשר נפטר רב לעולמו, הלך רב יהודה לנהרדעא, כדי ללמוד תורה מפי שמואל, שעמד שם בראש הישיבה. שמואל קרב אותו מאד וקרא לו ״שיננה״, שפרושו - חריף. לרב יהודה היה זכרון יוצא מן הכלל. מאות הלכות נזכרות בתלמוד, שנמסרו עלידו בשם רבותיו הגדולים רב ושמואל. אחרי פטירתו של שמואל עברה הישיבה לסורא בראשותו של רב הונא, ואילו רב יהודה, שהיה עתה במיטב שנותיו, יסד את הישיבה המפורסמת של פומבדיתא. אולם, כל עוד רב הונא היה בחיים, ראו בו כולם וגם רב יהודה, את הסמכות התורנית העליונה של הדור.

בבבל של הימים ההם היתה רמת לימוד התורה גבוהה למדי. דעתו של רב יהודה היתה, שאל להם ליהודים לעלות מבבל לארץישראל, כדי ללמוד תורה, בגורסו, כי מרכז למוד התורה עבר  לבבל. אולם לא כולם הסכימו עם דעתו של רב יהודה בענין זה, ואחרים מתלמידיו שלו עצמו, כמו רב אבא ורב זירא, עלו לארץ ישראל כדי ללמוד תורה. כך עשה גם אחיו של רב יהודה, רמי בר יחזקאל.

בהנהגתו של רב יהודה זכתה ישיבת פומבדיתא לפירסום רב, בשל תלמידי החכמים הגדולים, שיצאו ממנה. שיטת הלימוד בישיבה זו, כמו בישיבות בבל בדרך כלל, היתה מבוססת על הפלפול. לא כולם הסכימו עם שיטה זו, ועל כך תעיד האמרה העממית, שיש בה שמינית של בקורת לפילפול המופרז של למדני פומבדיתא: ,הם יכולים להעביר פיל בקוף של מחט...״

רב יהודה התפאר בשלשלת יוחסין שנמשכה עד אחרוני הנביאים והוא היה מקפיד מאד בכל הנוגע לשמירת טוהר היחס. הוא שם דגש חזק על קיום המצוות שבין אדם לחברו, לא פחות מאשר המצווה שבין אדם למקום. בישיבתו הקדיש ומקום מיוחד ללמוד מסכת נזיקין, הדנה בפיצויים שיש לשלם במקרה של גרימת נזק כל שהוא לאדם ע״י אדם אחר.

התלמוד מספר, כי פעם נפטר שכנו של רב יהודה, שלא היה לו אף אחד שיספידו ויתאבל עליו. רב יהודה כינס מנין של עשרה וקיים את שבעת ימי האבל לגבי השכן הערירי, ככל משפטו וחוקתו. בתום ה״שבעה״ הופיע הנפטר אצל רב יהודה בחלום והודה לו נרגשות, על החסד הגדול שעשה עמדו.

כבר בגיל צעיר הצטיין רב יהודה באהבת הבריות. פעם כאשר ישב לפני שמואל ולמדו יחד בישיבה, נכנסה אשה עניה ותנתה את צרותיה בקול ממורמר. שמואל המשיך בלימודו, מבלי לשים לב אליה, ואילו רב יהודה קרא כשהוא נרגש כולו: ״רבי! הלא הכתוב אומר: "אוטם אוזנו מזעקת דל גם הוא יקרא ולא יענה״ (משלי כ״א,י״ג)״. שמואל השיב בקוראו לתלמידו ״שיננה״, כי האחריות אינה שלו, כי אם של מר עוקבא, שהיה אב בית דין.

סיפור מענין מסופר בתלמוד במסכת קידושין, המקרין אור על יחסו של רב יהודה אל הבריות, כמו על יחסיו עם חבריו האמוראים. מספרת הגמרא: מעשה באדם אחד מנהרדעא שנכנס לבית המטבחיים של פומבדיתא ואמר תנו לי בשר. אמרו לו: המתן עד שיטול שמשו של רב יהודה בר יחזקאל. אמר להם: מי הוא יהודה בר יחזקאל זה, שהוא קודם לי, ונוטל לפני?

הלכו ואמרו לרב יהודה. עמד רב יהודה ונידהו. אמרו לו לרב יהודה: רגיל זה, שהוא קורא לבני אדם ״עבדים״. הכריז עליו רב יהודה: ״עבד הוא!". הלך אותו האיש והזמינו לדין לפני רב נחמן.

הביאו לרב יהודה כתב הזמנה. בא לפני רב הונה ושאלו: אלך, או לא אלך? אמר לו רב הונא: אין אתה צריך ללכת, משום שאדם גדול אתה אלא משום כבודו של בית הנשיא עמוד ולך״. (רב נחמן היה חתנו של ראש הגולה, שהיה לו מעמד של נשיא).

בא רב יהודה ומצא את רב נחמן שהוא עושה מעקה. אמר לו: האם אין מר מודה במה שאמר שמואל: ״כיון שנתמנה אדם פרנס על הציבור, אסור בעשית מלאכה בפני שלשה?״ אמר לו:

מקצת גנדריתא אני עושה. אמר לו רב יהודה: ומדוע לא תאמר, "במעקה שנאמר בתורה או ״מחיצה ״שאמרו חכמים?

אמר לו רב נחמן: ישב מר על קרסיטא (ספסל בלשון יון). אמר לו רב יהודה: ומדוע לא תאמר ״ספסל״ בלשון שאמרו חכמים, או ״איצטבא״ שאומרים בני אדם?

אמר לו רב נחמן: יאכל מר אתרונגא. אמר לו רב יהודה: כדאמר שמואל: כל האומר אתרונגא יש בו שליש בגסות הרוח — אלא או ״אתרוג״ בלשון חכמים, או ״אתרוגא״ בלשון בני אדם...

שלחה ילתא (אשת רב נחמן) לבעלה: פסוק לו דינו ופטרהו, שלא יהפך אותך לעם הארץ...

אמר רב נחמן לרב יהודה: למה טרח מר לבוא לכאן? אמר לו: כתב הזמנה שלח מר אחרי.

אמר רב נחמן: הואיל ובא מר לכאן ירצה טענותיו, כדי שלא יאמרו שתלמידיחכמים מחניפים זה לזה. מפני מה נידהו מר לאותו האיש?

—    משום צער שליח של חכמים.

—    ומפני מה הכרזת עליו שעבד הוא?

—    מפני שהוא רגיל לקרוא לבני אדם עבדים, ושנינו: כל הפוסל במומו פוסל...

שנתיים לפני פטירתו של רב יהודה, נפטר ר בהונא. ומאז באו תלמידיו של רב הונא ללמוד תורה מפי רב יהודה בר יחזקאל, שנחשב עתה לסמכות התורתית העליונה של יהודי בבל.