לעתיד לבוא תגרום הגיית השם המפורש להארה אלוקית גבוהה יותר מזו שנגרמה על-ידי הגיית השם המפורש בעבר.
'ברכת כוהנים' היא מצוות עשה מן התורה המוטלת על הכוהנים – "לברך את עמו ישראל באהבה". בעת שמברכים הכוהנים ברכה זו הם מקיימים (בין השאר) את הציווי "ושמו את שמי על בני ישראל" (במדבר ו, כז). כלומר, הכוהנים יברכו את ישראל בשם השם.
יש הבדל באופן שמתקיים ציווי זה מחוץ לבית המקדש לאופן שהוא מתקיים בתוך בית המקדש: מחוץ לבית המקדש אסור להגות את השם המפורש (שם ההוויה), ולכן הכוהנים אומרים את שם השם כפי שאנו רגילים לאומרו היום: א-ד-נ-י. אולם בבית-המקדש מותר וצריך להגות את השם המפורש. בשם זה ברכו הכוהנים בבתי המקדש הראשון והשני ובשם זה יברכו בבית המקדש השלישי. בתורת החסידות מוסבר, כי לעתיד לבוא תגרום הגיית השם המפורש להארה אלוקית גבוהה יותר מזו שנגרמה על-ידי הגיית השם המפורש בעבר.
הבדל נוסף בין הברכה בבית-המקדש לברכה מחוצה לו הוא בעיתוי של אמירת הברכה: מחוץ לבית המקדש מברכים הכוהנים בעת התפילה בציבור, לאחר שמסיים שליח הציבור את ברכת ההודאה ("מודים"). אך בבית המקדש נאמרת הברכה בסיום הקרבת 'קרבן התמיד' בבוקר (קרבן קבוע שאתו פותחים את עבודת היום של הקרבנות). הלכה זו נלמדת מהתיאור המפורש בתורה: "וישא אהרון את ידיו אל העם ויברכם – וירד מעשות החטאת והעולה והשלמים" (ויקרא ט, כב). מכאן, שהברכה נאמרת עם סיום עבודת הקרבה.
כסמל וזכר לכך קבעו חז"ל כי בזמן שאין בית-המקדש קיים, מוטל על הכוהנים לפחות להתחיל להתכונן לקראת 'ברכת הכוהנים' בזמן שאומר השליח ציבור את הברכה בה מבקשים על השבת עבודת הקרבנות: "והשב העבודה לדביר ביתך" (ברכת 'רצה').
בנוסף להבדלים אלו, ישנו הבדל (שלישי) בתנוחת הכוהנים: כיום, בשעת הברכה מגביהים הכוהנים את ידיהם כנגד הכתפיים ולא יותר. בגאולה, לעומת זאת, יהיה על הכוהנים להגביה את ידיהם מעל גבי ראשיהם (בגלל שהברכה תיאמר בשם המפורש, שהוא נעלה וגבוה יותר). יוצא מן הכלל יהיה הכוהן הגדול, שהוא יגביה את ידיו רק עד הציץ הנתון על מצחו ולא יותר (הציץ הוא טס עשוי זהב שעליו חקוק השם המפורש, ואין זה דרך כבוד להגביה ידיים מעליו).
שני הבדלים נוספים ישנם במענה העם אחרי ברכת הכוהנים: כיום, לאחר כל אחד משלושת הפסוקים של ברכת הכוהנים (יברכך, יאר, יישא) עונים כל העם 'אמן'. בבית המקדש אומרים הכוהנים את כל שלושת הפסוקים ברצף (מילה במילה אחרי המקריא, אבל בלי הפסק של אמירת 'אמן'), ולאחר כל פעם שמזכירים את שם השם עונים כל העם יחדיו ואומרים: "ברוך שם כבוד מלכותו לעולם ועד" (אבל בלי להפסיק את שליח הציבור).
מקורות: שמות כח לו ובמפרשים שם. תלמוד בבלי סוטה לז ב, לח א-ב, מ ב ובתוספות דיבור המתחיל 'וכל כך למה'. משנה תורה לרמב"ם הלכות תפילה וברכת כוהנים פרק יד הלכות ג, י, טו ופרק טו הלכה יב. שולחן ערוך אדמו"ר הזקן סימן קכח סעיפים א, ג, כ, כד.